В искусственной среде, при добавлении удобрений в воду для качественного роста зелени и насыщения воды кислородом, вы рискуете получить неконтролируемый рост водорослей, что так же называется цветением воды. При оптимальный температуре, количестве питательных веществ и большом количестве солнечного света, для роста водорослей, их биомасса размножается с экспоненциальной скоростью, что в конечном итоге опережает способность удобрения удовлетворять потребности водорослей в необходимых микроэлементах, и приводит к истощению доступных питательных веществ и последующему отмиранию водорослей. Гниющая биомасса водорослей, затем, истощает кислород в прудовой воде и загрязняет его, что приводит к массовой гибели рыбы.
Еще одной проблемой в содержании рыбоводческих хозяйств является тот факт, что они требуют массивных систем очистки воды, чтобы обеспечить постоянное количество свежей, насыщенной кислородом воды – свыше 250миллионов литров воды на гектар в год. Более экологичным вариантом, является использование гидропоники для очистки воды, благодаря этому методу требования к обработке воды значительно снижаются.
Использование клетей и загонов для выращивания рыб в существующей реке, море или озере значительно упрощает хозяйство, благодаря постоянному, естественному, вымыванию отходов, и обеспечению свежей, насыщенной кислородом воды. Экологи однако, не очень любят эти системы, так как они несут все отходы и загрязнения в окружающую среду.
Садки (клети, загоны, вольеры) расположенные в озерах, прудах, рукавах рек, реках и морях позволяют содержать и защищать рыб от внешнего воздействия до тех пор, пока она не достигнет зрелости и не будет собрана. Садки позволяют выращивать гораздо больше различных пород рыб, чем замкнутые системы. Клети для разведения рыб в море также набирают большую популярность. Проблемы с короткозамкнутым сельским хозяйством включают в себя: отсутствие возможности контролировать и влиять на качество воды, браконьерство, а так же надежность заграждения (сетка, решетка), в случае изъяна заграждения рыбы могут бежать в открытую воду и поставить под угрозу выживание местной флоры и фауны. Сбежавшие рыбы могут нанести непоправимый вред сложившейся экосистеме (все, наверное в курсе, как сбежавший из запруд азиатский карп распространился по америке и практически полностью истребил некоторые виды рыб и моллюсков)
